Hijo de don Domingo Narciso Allende, español de clase media, y de doña Marina Unzaga, integrante de una de las principales familias del lugar, José Ignacio María de Allende y Unzaga nació el 21 de enero de 1779 en la Villa de San Miguel el Grande. Ingresó al Colegio de San Francisco de Sales en su ciudad natal, bajo la tutela de su tío José María Unsaga, donde conoció a los hermanos Aldama. Durante su primera juventud mostró gran afición por las faenas del campo, el toreo y la charrería. Pronto fue conocido por sus aventuras amorosas con diversas jóvenes del lugar, y llegó a tener un hijo a los 23 años con Antonia Herrera.

La carrera militar de Allende comenzó en 1795, cuando para establecer un cuartel militar en San Miguel el Grande, se autorizó la integración del Regimiento Provincial de Dragones de la Reina en la región, en el que se dio de alta junto con Juan Aldama Rivadeneyra y José Mariano Jiménez, y del cual fue nombrado teniente, ratificado por despacho real en febrero de 1796. El virrey Félix Berenguer de Marquina lo nombró teniente del Cuerpo de Granaderos en enero de 1801, bajo el mando del general Félix María Calleja, y enviado a Texas para combatir a los aventureros estadounidenses que pretendían invadir ese territorio. En 1802, cuando tenía el grado de teniente de las Milicias de la Reina, contrajo matrimonio con María de la Luz Agustina de las Fuentes, pero su esposa murió apenas seis meses después.

Las comisiones militares que desempeñó en diversas poblaciones, le permitieron conocer grupos de liberales y masones, así como oficiales del ejército colonial que sostenían ideales de libertad e independencia. Retornó a San Miguel en 1808, con el grado de capitán, al mando de un regimiento de caballería llamado "Dragones de la Reina"; sin embargo, sus inquietudes políticas lo hicieron participar en la organización de reuniones de conspiradores. En 1809 tomó parte en la conspiración de Valladolid, promovida por los militares José María Obeso y José Mariano Michelena, la que fue descubierta y sus dirigentes detenidos. Allende logró evadirse, pero no desistió de realizar nuevos intentos independentistas.

En 1810, Allende se integró a las reuniones organizadas en Querétaro por los corregidores Miguel Domínguez y Josefa Ortíz de Domínguez, e invitó a muchos otros personajes a asistir a las mismas, como a Miguel Hidalgo y Costilla, a Abasolo y a los hermanos Ignacio y Juan Aldama. En esas reuniones, aparentemente literarias, se planeaba que la rebelión estallaría en el mes de diciembre en San Juan de los Lagos, dirigida por Allende y Juan Aldama; después se adelantó la fecha al 1º de octubre.

Al ser descubierta la conspiración, Allende propuso citar a los comprometidos para que en cada ciudad fuese dada la voz de Independencia, pero Hidalgo lo convenció de que no había más opción que lanzarse a la lucha de inmediato en Dolores.

Allende, por haber sido el principal promotor del levantamiento y por su preparación militar, era, naturalmente, quien aparecía como el jefe lógico de la lucha armada; pero Hidalgo, por su decisión y su influencia sobre el pueblo fue escogido porque podría atraer al movimiento mayor gente del pueblo. Así, los jefes insurgentes decidieron que Hidalgo fuera capitán general y Allende teniente general. Desde entonces se hicieron evidentes sus diferencias de visión y alcance del movimiento insurgente: Allende pretendía conservar el reino para Fernando VII, mientras Hidalgo, sin oponerse a esa línea, pensaba que el rey ya no existía y debía actuarse en nombre de la nación. Salvo por su lucha independentista, Allende se mantuvo en general a favor del orden establecido, en tanto Hidalgo intentaba crear un orden social nuevo. Allende aspiraba al poder para él y los militares criollos, Hidalgo pensaba que el pueblo era el único dueño del poder y éste debía ejercerse en representación de su voluntad soberana. Allende intentó organizar el movimiento como un ejército, Hidalgo lo consideró un movimiento popular de reivindicación social. Allende trató a los prisioneros europeos conforme al derecho común, cuidó la seguridad de las personas, a los arrestados les juraba por su vida que no les pasaría nada a ellos ni a sus familias, que solo serían arrestados y sus bienes resguardados; Hidalgo les aplicó un trato conforme al derecho de guerra por lo que autorizó ejecuciones y confiscaciones, y no impidió el saqueo. Para Allende, el objetivo principal era la toma militar de la ciudad de México; para Hidalgo, los objetivos eran dar libertad a los esclavos y a las castas, devolver la tierra a los indios, sostener la guerra ideológica, establecer los poderes del Estado nacional y fomentar la rebelión en todos los territorios ocupados por el enemigo. Estas diferencias marcaron desde el principio el rumbo del primer movimiento independentista armado.

Habiendo proclamado la insurrección el 16 de septiembre (grito de Dolores) Allende incorporó a su causa a su regimiento de Dragones de la Reina para dotar al movimiento con tropa profesional. La preparación militar de Allende fue de enorme importancia para reunir el ejército insurgente que llegó a tener más de ochenta mil hombres, mayoritariamente campesinos, rancheros y artesanos mal armados, que aunque desorganizado (lo que a Allende incomodaba), al enfrentarse al ejército profesional virreinal tuvo una temporada de triunfos iniciales que le permitieron tomar Chamacuero, Celaya, Irapuato, Silao y Guanajuato, por lo que pronto la cabeza de Allende, igual que la de Hidalgo, tuvo un precio de diez mil pesos ofrecidos por el Virrey, a quien lo entregara vivo o muerto. Así, con pocos elementos de guerra y escasa disciplina militar, las fuerzas insurgentes continuaron su marcha, se apoderaron de Valladolid, y siguieron por Valle de Santiago, Salvatierra, Zinapécuaro, Indaparapeo, Acámbaro y Toluca. De ahí avanzaron para acercarse a la ciudad de México y triunfaron en la batalla del Monte de las Cruces.

A la vista de la capital del virreinato, Allende consideró que el avance de las tropas insurgentes hacia la ciudad de México provocaría la captura del virrey o su huida, con lo que prácticamente se derrotaría al gobierno virreinal, se impediría a los realistas reorganizarse y la insurgencia disfrutaría de mayores elementos por la victoria alcanzada, lo cual le permitiría seguir la lucha en condiciones cada vez mejores. Pero Hidalgo no estuvo de acuerdo con la estrategia planteada por Allende, quizás porque consideró que el ejército realista no estaba derrotado definitivamente y era necesario reunir mayores y mejores elementos para dar la batalla final, o tal vez porque temió que se repitiera el derramamiento de sangre y el saqueo ocurridos durante la toma de Guanajuato; el hecho es que decidió replegarse en contra de la voluntad de Allende. Ese desacuerdo acentuó la división entre ambos y más tarde, propició la derrota del ejército insurgente, pues la tropa se desmoralizó y de casi cien mil hombres, se redujo a la mitad. En esas condiciones, en Aculco, se enfrentaron a Calleja, quien esta vez los venció con su ejército bien pertrechado y disciplinado.

Ante la gravedad de la situación, Allende sustituyó a Hidalgo en el mando militar por su responsabilidad en la derrota y ambos acordaron dividir al ejército insurgente: Allende marchó a Guanajuato e Hidalgo a Guadalajara.

En Guanajuato, Allende acumuló provisiones para el caso de un sitio y siguió aprestándose para la guerra: fundió cañones, hizo barrenos para que hacerlos explotar al paso del ejército realista, fabricó armas y pólvora. Pudo resistir los primeros ataques de las tropas realistas y en varias cartas, cada vez más agrias, pidió ayuda a Hidalgo que se encontraba en Valladolid, así como a otros insurgentes. Al no obtener respuestas, antes de sufrir una nueva derrota, decidió abandonar Guanajuato a las fuerzas de Calleja sin presentar batalla y marchar a Guadalajara a reunirse con Hidalgo.

Cuando Calleja avanzó hacia Guadalajara, Allende tuvo nuevas diferencias con Hidalgo porque estuvo en contra de la decisión de dar batalla a los realistas en el Puente de Calderón. Ahí se libró una lucha encarnizada, pero a punto de alcanzar la victoria, explotó un vagón de municiones de los insurgentes, lo que facilitó su derrota por las fuerzas realistas, la que constituyó un verdadero desastre para los independentistas. En estas condiciones, los conflictos entre Allende e Hidalgo aumentaron y los oficiales pidieron a Hidalgo su renuncia, quien dimitió verbalmente a favor de Allende al mando supremo del movimiento insurgente.

Allende ordenó la retirada hacia Saltillo de las ya muy disminuidas fuerzas insurgentes, para de ahí marchar hacia Estados Unidos a fin de conseguir apoyo y armas. Pero el jueves 21 de marzo de 1811, en las cercanías de Monclova, Coahuila, en el paraje denominado Acatita o Norias de Baján, Allende, en compañía de Hidalgo y demás los caudillos insurgentes, esperaba ser recibido amistosamente por Ignacio Elizondo, sin saber que éste ya los había traicionado, resentido con Allende porque no le había dado el nombramiento de teniente general. Ajenos a la maquinación preparada, los insurgentes fueron víctimas de una emboscada al llegar el convoy a un recodo del paraje, cuando los realistas sorpresivamente los conminaron a rendirse, de modo que conforme avanzaban los contingentes independentistas, eran hechos prisioneros. En el último coche del contingente viajaban Allende y su joven hijo Indalecio; al intimidarlos a que se entregaran, Allende disparó su pistola sobre Elizondo llamándole traidor; pero éste salió ileso y ordenó a la tropa abrir fuego; el hijo de Allende, resultó muerto.

Preso Allende y encadenado, fue trasladado a la ciudad de Chihuahua, en donde se le sujetó a proceso penal por el delito de infidencia. Durante su juicio, Allende se portó muy sereno, pero al ver que el juez lo trataba con desprecio, rompió las esposas que traía en las manos y con el pedazo de cadena que colgaba de una de ellas le dio un fuerte golpe en la cabeza. Así, fue sentenciado a muerte.

El 26 de junio de 1811, en compañía de Aldama y Jiménez, Allende fue fusilado y después decapitado. Su cabeza, junto con la de los demás jefes insurgentes, fue colocada en una jaula de hierro y fijada en una de las esquinas de la Alhóndiga de Granaditas en Guanajuato; el intendente Fernando Pérez Marañón, mandó poner la siguiente inscripción en la puerta del edificio: "Las cabezas de Miguel Hidalgo, Ignacio Allende, Juan Aldama y Mariano Jiménez, insignes facinerosos y primeros cabecillas de la revolución; que saquearon y robaron los bienes del culto de dios y del Real Erario; derramaron con la mayor atrocidad la inocente sangre de sacerdotes fieles y magistrados justos; y fueron la causa de todos los desastres, desgracias y calamidades que experimentamos y que afligen y deploran los habitantes todos de esta parte tan integrante de la nación española. Aquí clavadas por orden del señor brigadier don Félix María Calleja del Rey, ilustre vencedor de Aculco, Guanajuato y Calderón, y restaurador de la Paz en esta América. Guanajuato 14 de octubre de 1811".

El resto de su cuerpo fue enterrado en la Iglesia de San Francisco en Chihuahua. Su cabezas fue descolgada hasta 1821, al ser consumada la independencia. Reintegrados sus restos, fueron trasladados a la Catedral de México en 1824, para finalizar en la cripta de la columna de la Independencia de la ciudad de México.

A partir de 1951, el municipio donde nació el caudillo insurgente se denomina oficialmente San Miguel Allende, en justo reconocimiento a su sacrificio en favor de la independencia de México.