La Universidad de Colima ocupa el lugar número diez entre las universidades públicas estatales de México, de acuerdo con el Ranking mundial de Universidades 2012 para América Latina, presentado en Londres, Inglaterra.

En el ranking elaborado por la consultora QS, Quacquarelli Symonds, que evalúa a las 250 mejores universidades de América Latina, la U de C está en el lugar 14 entre universidades públicas  nacionales y estatales;  y en el 22, considerando también instituciones privadas. En el conjunto de instituciones de la región se sitúa en el lugar 132.

La lista de las universidades públicas estatales la encabezan las universidades de Guadalajara, Autónoma de Nuevo León, Autónoma de Puebla, Autónoma del Estado de México, Autónoma de San Luis Potosí, de Guanajuato, Autónoma del Estado de Morelos, Autónoma de Yucatán, de Sonora y Colima.

El estudio QS University Rankings para América Latina se realiza con base en siete criterios fundamentales: reputación académica, reputación empresarial, estudios y publicaciones, salidas laborales de sus graduados, proporción entre alumnos y profesores, presencia en internet y cantidad de doctorados.

El ranking latinoamericano lo encabeza la Universidad de Sao Paulo, en Brasil, y la universidad mexicana mejor calificada es la UNAM, ubicada en el quinto lugar.

Después de la UNAM, las universidades mexicanas mejor rankeadas en Latinoamérica por QS son el ITESM, en el lugar siete, el Instituto Politécnico Nacional en el 17, el ITAM en el 19, la Universidad Autónoma Metropolitana en el 21 y la Universidad Iberoamericana en el 30.

La Universidad de Colima está adelante de varias prestigiadas universidades públicas y de gran trayectoria, como las Universidades Autónoma de Baja California, Veracruzana, Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, Autónoma de Chapingo, Autónoma de Aguascalientes, Autónoma de Chihuahua, Autónoma de Sinaloa, Autónoma de Hidalgo, Autónoma de Tamaulipas, el ITSON, entre otras.

Incluso en ese ranking de universidades de Latinoamérica, la Universidad de Colima está mejor rankeada que varias reconocidas universidades privadas, como la Universidad Lasalle, ubicada en la posición 148; el ITESO de Guadalajara, en el lugar 157, y la Universidad Autónoma de Guadalajara,  colocada en la posición 171.