Los insectos y las enfermedades pueden destruir las plantas del huerto, las malezas comienzan a crecer al mismo tiempo o antes que las hortalizas y si no son controladas pueden provocar problemas mucho antes de que surjan problemas con los insectos o las enfermedades.

Hay varios métodos para controlar las malezas en un huerto familiar; lo más común consiste usar un azadón y/o quitar a mano la maleza.

Para el control de insectos, en la mayoría de los casos la única solución son los insecticidas. Sin embargo, se recomienda que antes de aplicar insecticidas se practiquen algunas medidas sanitarias que pueden reducir la incidencia de las plagas como evitar la presencia de restos de cosechas infectados por plagas y enfermedades; es conveniente quemar o en su defecto enterrarlos en un lugar alejado del huerto; en caso de que presenten plagas que afecten las raíces de las plantas, es conveniente voltear el suelo y mantenerlo expuesto al sol.