Juárez estableció su gobierno en Guanajuato, organizó su gabinete y publicó un manifiesto que dio inicio a la Guerra de Reforma:

El Gobierno constitucional de la República, cuya marcha fue interrumpida por la defección del que fue depositario del poder supremo, quedó establecido.

En la capital, una junta de representantes nombró presidente a Félix Zuloaga el 22 de enero, quien tomó posesión al día siguiente. De esta manera hubo dos gobiernos en el país, uno reaccionario en la capital y otro liberal en el interior. Zuloaga estableció las Cinco Leyes, por las cuales se derogaban las leyes reformistas y se restablecía la organización de la Suprema Corte de Justicia de la época de Santa Anna con el fin de organizar un gobierno conservador.

En el primer encuentro en Salamanca, las tropas liberales sufrieron una seria derrota. El 13 de marzo una parte de la guarnición de Guadalajara se pronunció por el Plan de Tacubaya y Juárez fue hecho prisionero en el palacio de gobierno; a punto de ser fusilado le salvó la vida la elocuencia de Guillermo Prieto, que habló a los soldados de la enormidad del atentado que iban a cometer, diciéndoles " los valientes no asesinan ".

LEYES DE REFORMA

Las llamadas "Leyes de Reforma" fueron dictadas por Juárez en Veracruz entre julio de 1859 y diciembre de 1860. En el contenido de ellas se puede observar la radicalización del pensamiento político liberal, pues muestran el propósito de limitar el ejercicio de la actividad eclesiástica sólo al campo espiritual. Entre ellas destacaron:

1.- Nacionalización de los bienes del clero (julio 12 de 1859)

2.- El matrimonio como contrato civil (23 de julio de 1859)

3.- Ley sobre el estado civil de las personas (julio 28 de 1859)

4.- Ley sobre cementerios (31 de julio de 1859)

5.- Ley que decreta los días festivos y prohíbe la asistencia oficial a las funciones eclesiásticas (11 de agosto de 1859).

6.- Ley sobre Libertad de Cultos (4 de diciembre de 1860)