Así, el virrey Luis de Velasco cumple con la real cédula del emperador Carlos V, firmada por el regente del reino, su hijo Felipe II, el 21 de septiembre de 1551. El oidor Antonio Rodríguez de Quevedo es el primer rector.

Las gestiones para la creación de la Universidad de la Nueva España, fueron hechas por el virrey Mendoza y Fray Juan de Zumárraga; para que fuera un hecho el Papa Clemente VII confirma su fundación y entonces pasa a ser la “Real y Pontificia Universidad de México”. Retórica, Didáctica, Latín, Filosofía, Teología, Derecho, Sagradas Escrituras, Lenguas Indígenas y Matemáticas, son los cursos impartidos en las facultades de Artes, Teología, Cánones, Leyes y Medicina.